En janvier 1904, privés de leurs terres et de leur bétail, les Herero se révoltent contre les colons allemands et font une centaine de morts. En réponse, le général allemand Lothar von Trotha est envoyé pour mater la rébellion. Réputé pour sa cruauté, surnommé "le requin", il signe un ordre d’extermination qui stipule que "Tout Herero trouvé à l’intérieur des frontières allemandes, avec ou sans armes, avec ou sans bétail, sera abattu." 15 000 soldats allemands sont déployés, équipés de mitrailleuses, de canons et de grenades pour exécuter cet ordre de la plus haute instance militaire. Un an plus tard, les Nama se révoltent à leur tour et subissent le même sort que les Herero.
L’armée coloniale développe des techniques génocidaires telles que des massacres, l’exil dans le désert et des camps de concentration. "Les enfants, les femmes les vieillards, les hommes, tout le monde devait être exterminé. On les as chassés vers le désert où ils sont morts de faim et les puits ont été empoisonnés." explique Elise Colette, l’ex-rédactrice en chef à Jeune Afrique sur TV5 Monde. "Les soldats obligeait les enfants à regarder tous ces meurtres", raconte l’une des descendantes de victimes. Même les survivants qui parvenaient à s'enfuir vers le désert du Kalahari étaient pourchassés pour être massacrés. Entre 1904 et 1908, près de 20 000 Nama et 65 000 Herero ont perdu la vie.
Les crânes des défunts ont ensuite été envoyés en Allemagne pour des expériences scientifiques. Le médecin Eugen Fischer, dont les écrits racistes influencèrent Adolf Hitler, officia dans le camp de concentration namibien à la sombre réputation, nommé "Shark Island". Son objectif : différencier le "sauvage" du "civilisé" afin de prouver la supériorité de la race blanche. Une théorie qui inspirera celle de l’hygiène raciale nazie et formera les médecins SS, dont le Docteur Josef Mengele qui a été son assistant.
En janvier 2017, les représentants des descendants des deux peuples exterminés ont déposé plainte pour génocide contre l’Allemagne devant un tribunal new yorkais, qui a accepté de donner suite.
En mai 2021, après plus de cinq ans d'âpres négociations, l'Allemagne a annoncé qu'elle reconnaissait avoir commis un génocide dans ce territoire d'Afrique australe qu'elle a colonisé entre 1884 et 1915, et a promis une aide au développement de 1,1 milliard d'euros sur 30 ans devant profiter aux descendants des deux tribus. Mais la Namibie a demandé à l'Allemagne de renégocier l'accord, sans préciser quelles modifications avaient été demandées.
